Op de plek waar de huidige kerk staat, heeft een grote middeleeuwse, Roomse kerk gestaan, met zijbeuken en twee rijen pilaren en gebrandschilderde ramen.

Johannes Volpardsz. was begin 1400 pastoor in de parochie Zunderdorp. Na de dood van pastoor Willem Bartholdsz. in 1422 stelde gravin Jacoba van Beieren persoonlijk voor om Bartholomeus Willemsz. van Heemskerk als zijn opvolger aan te stellen. In 1445 werd Segerus Pichemet als pastoor van Zunderdorp aangesteld. Hij moest zich echter voor deze functie inkopen door acht oude schilden te leveren. Hij werd hierbij financieel gesteund door een soort lekepriester, Heer Hildebrandsz genaamd. In 1532 kreeg Zunderdorp een Byzantijnse priester, Petrus Macarotes. Al deze pastoors lieten hun parochie vaak bedienen door onderpastoors.

De laatste pastoor van Zunderdorp was Gualterius Aemiliusz., die persoonlijk de parochie diende. Zunderdorp sloot zich kort na 1582 aan bij de Reformatie. De gemeente kreeg een dominee. De eerste dominee van Zunderdorp was Henricus Spudaes. Hij heeft de gemeente gediend van 1583 - 1587 en vertrok naar Brakel. De volgende predikant, Cornelis Cornelisz., heeft hier slechts één jaar gestaan en werd toen ontslagen.

De namen van alle dominees die Zunderdorp als standplaats hadden, staan vermeld op de predikantenborden die aan weerszijden in de kerk hangen.

Het kerkgebouw is in 1710 door blikseminslag bijna volledig afgebrand. De toenmalige predikant Ds. Fredericus Brouwer sprak in zijn preek over de brand als volgt:
"'t Is God Almachtig, die gisteren voor acht dagen de vreeselijke hand zijns naren gerichts aan u aan deze plaats heeft laten zien, als omtrent den avond onder een zwaren donderslag het bliksemvuur werd geworpen in uw toren, welke die aanstekende, wel eerst een kleine vlam maakte, vertoonende zich van verre gelijk het geflikker van een brandende kaars, doch in 't kort zoo toenam, dat ze, onder het geblaas van een sterken wind, het bovenste gedeelte des torens in een lichterlaaie vlam zette, die vandaar tot uw kerkgevaarte oversloeg, dat er geen blusschen aan was; waardoor dat schoon gebouw binnen weinig uren vernield en geheel werd in de asch gelegd.
En zag het ieder als een werk van Gods almachtige en genadige bestiering aan, dat door deze geweldige vuurvlam de meeste huizen van dit dorp, waarvan nochtans nauwelijks een terdege is beschadigd, niet geheel werden verteerd."

Op 26 juli 1711 werd de kerk, die met steun van de gemeenten van Broek in Waterland en Alkmaar werd herbouwd, weer plechtig in gebruik genomen. In de uitgave Noord-Hollandse Oudheden, door G. van Arkel en A.W. Weissman, werd van deze kerk gezegd:

"De kerk is modern. De zware toren is evenwel nog uit de Middeleeuwen. Hij bestaat uit gebakken en gehouwen steen en is met eenvoudige spitsboognissen versierd. Het westelijk portaal heeft een tufsteenen bekroning. De spits is uit later tijd en van hout. In den toren hangt een klok van 1,14 m middellijn, waarop als randschrift:
'Omnis spiritus laudet Dominum. (Alles wat adem heeft, love den Heere). Claes Noorden et Jan Albert de Grave me fecerunt. Amstellodami Ao 1710. Do Thomas Somer V.D.M. Kerckmeesteren te Sunderdorp Kornelis Thymonsz, Klaas Jobsz, Gerrit Visscher.' De predikstoel is van eikehout, uit de helft der 17e eeuw. Het doophek is uit denzelfden tijd als de predikstoel. Boven de deur zijn 2 leeuwen, die het wapen der plaats behouden. Het koperwerk der kerk bestaat uit een doophekboog, een predikstoelblaker, een zandlooperhouder, een voorzangerslezenaar en blaker, een kroon van 16 blakers, 2 kronen van 12 blakers ieder en verschillende blakers op de banken."

In 1824 zijn de kerk en de toren gerestaureerd, met financiële hulp van de gemeenteleden.

Het tegenwoordige gebouw dateert van 1854. In dat jaar vond een ingrijpende verbouwing plaats, hetgeen maar liefst ƒ 4.850,-- kostte...

In 1906 werd een consistoriekamer naast de kerk gebouwd. Vóór die tijd kwam de kerkenraad tezamen in de zogenaamde wezenkamer aan de Kerklaan.
Op 15 april 1925 trof de bliksem opnieuw de spits van de kerktoren, die volledig uitbrandde. De haan en het kruis vielen tijdens de brand naar beneden en stortten op een dienstdoende politieagent, die aan zijn verwondingen overleed. De toren werd twee jaar later weer hersteld. Nu niet meer met een ronde, maar met een vierkante spits.

De luidklok is in de Tweede Wereldoorlog door de bezetters uit de toren weggehaald. Na de oorlog werd een nieuwe, zij het een kleinere klok aangebracht. Het randschrift luidt:

"Ps. 89. Welgelukzalig is het volk dat het geklank kent. Gegoten in 1949 ter vervanging van de in 1942 geroofde klok."

In 1975 is men opnieuw begonnen aan de eerste fase van een grondige restauratie van de kerk en aan nieuwbouw van de consistoriekamer. Ditmaal kostte een en ander de somma van ƒ 250.000,--. Op woensdag 8 september 1976 werd de gerestaureerde kerk met consistoriekamer in gebruik genomen.

Een tiental jaren later bleek, dat het met de fundering van het kerkgebouw en de toren niet goed ging. De palen waren totaal weggerot en daardoor begon het gebouw te zakken en ontstonden er grote scheuren in de muren. De toren was in de afgelopen jaren ongeveer 30 cm scheefgezakt en duwde met groot geweld tegen de muren van het kerkgebouw. In augustus 1988 werd een begin gemaakt met de restauratiewerkzaamheden. Een geheel nieuwe fundering moest worden aangebracht.

Op zondag 5 november 1989 werd, met een feestelijke dienst, geleid door ds. A. Cuperus, de kerk weer in gebruik genomen. Dankzij de grote inzet van alle dorpsbewoners en gelden uit diverse fondsen kon het werk worden voltooid.

Van de oude inventaris van de vorige kerk is hier ook heel wat bewaard gebleven, o.a. het doophek met de deur daarin en ook de preekstoel, beide uit de 17e eeuw. Op de preekstoel treft u zeer fraai gesneden cartouches aan en op het centrale middenpaneel ziet u een zwaan, het symbool van de Waterlandse dorpen Die zwaan ziet u ook in de deur van het doophek. Daar houdt de zwaan, hier met een halsring, zes pijlen in zijn poot. Die zijn het symbool van de unie van de zes Waterlandse dorpen. U ziet, er is hier nogal wat van de geschiedenis van Waterland bewaard gebleven.